在中立国奥布的资源卫星赫利奥波利斯上生活的工业专科学生基拉大和，在前往研究室的时候，被卷入了ZAFT军夺取高达的作战之中。基拉与地球军官玛琉一起乘上唯一未被夺走的强袭高达，并修正了高达的操作系统。潜在能力被解放出来的强袭高达轻而易举地击破了ZAFT军的MS。同时，前来接收高达的大天使号的残余人员在娜塔尔少尉的带领下，启动了大天使号。由此，命运的齿轮开始转动，基拉与ZAFT军的儿时伙伴阿斯拉，展开了逃离与阻击之战。